Возвращение агента Фила Колсона никто не ожидал, все считали, что он погиб. О том, что он жив, знали только агенты выше седьмого уровня, одним из которых был Ник Фьюри. Однако сам Колсон даже не догадывался, что его оживили с помощью секретной разработки Щита, ему подменили воспоминания, как будто он отдыхал на Таити. Фьюри стал непосредственным руководителем Колсона, и помог ему в восстановлении работы агентства Щит. Предоставив самолёт с технологией стелс, для штаба Щита, Фьюри предложил собрать в команду агентов. Колсон так и поступает, теперь оперативная группа Щита состоит из него, и нескольких специалистов.
Команда из шести человек Фила, Мелинды, Гранта, Лео, Джемма и Скай отправляется на спасение бывшего участника Щита Акилла, которого силой заставили вступить в команду врага Гидру. Позже, после того как Колсона тайно похищают агенты Сороконожки, он случайно слышит, как его воскресили из мертвых с помощью молекул ДНК инопланетного гостя. Колсон уходит в себя и понимает, что та жизнь, которую он помнит, абсолютно не его. Он так же узнает, что Скай тоже связана с ДНК того пришельца и теперь за ней идет охота. Агенты Щита приходят и спасают Колсона, но в это тяжело ранят Скай. И теперь, чтобы спасти девушку нужно любым способом найти вакцину GH325, это единственный шанс спасти девушку, которая очень дорога Колсону.